El campanario por referencias que disponemos sabemos que estaba situado en el lado contrario a donde se encuentra en estos momentos, que era de planta cuadrada y el mismo estaba almenado. Fue realizado por Juan Bautista Pérez Castiel. También fue obra de Pérez Castiel la Sala Capitular hoy desaparecida. En 1912 el arquitecto Luis Ferreres Soler (1852-1926) levanta un nuevo campanario, en estilo ecléctico con reminiscencias góticas en su actual emplazamiento, que es el que se conserva actualmente, aunque reformado y modificado como hemos comentado bien entrado el siglo XX por Javier Goerlich.
La entrada al convento se realizaba por la fachada principal que estaba situada en la actual calle Huesca y que entonces era conocida como Portería de San Agustín. Sin embargo, la entrada al templo desde la calle se hacía por la fachada sur de la iglesia, hoy plaza de San Agustín.
La entrada habitual al templo se realiza por la portada recayente a la plaza de San Agustín. De estilo barroco se fecha en el primer tercio del siglo XVII y se compone de una puerta adintelada, flanqueada por dos pares de columnas estriadas en la parte media superior que apean sobre basamentos. En el cuerpo superior encontramos un frontón curvo partido, en cuyo centro y en el interior de una hornacina se dispone una imagen del santo titular de la iglesia (San Agustín), realizada después de 1936 por José Justo Villalba. Por encima del santo, en un frontón partido, figura el escudo de los Agustinos: un corazón traspasado por una flecha. La portada permite el acceso a la iglesia por el lado de la epístola. En la talla de la portada podemos ver a San Agustín llevando en su mano derecha el báculo de obispo, mientras que con la izquierda sostiene un libro cerrado.
La iglesia se corresponde con un planteamiento gótico francés, donde la sobriedad de la decoración es patente, enfatizado además por el hecho de tratarse de un templo de origen conventual y no dedicado a la feligresía.
Es un templo fechado en el siglo XIV de una sola nave sin crucero, dividida en siete tramos cubiertos con bóvedas de crucería simple. Los nervios apoyan sobre ménsulas directamente en el muro. Capillas entre los contrafuertes cubiertas a su vez por bóvedas sobre ojivas que también apoyan en ménsulas. Coro elevado sobre arcos rebajados a los pies, donde además se encuentra el órgano. Este es obra de los hermanos Frèderic y Yann Desmottes, de Landete (Cuenca) que lo realizaron en el año 2002 pues el anterior había sido destruido en la Guerra Civil. El órgano sería inaugurado en el año 2003. El sotocoro está formado por una bóveda nervada con una clave central y otras dos secundarias en los extremos, bóveda realizada después de la Guerra Civil.
El último tramo más cercano a los pies queda separado por una verja de madera, lo que le da aspecto de atrio cubierto. El primer tramo de la bóveda de crucería de la nave central es más ancho que los restantes ya que cubre el espacio de dos de las capillas laterales. La cabecera se compone de un ábside poligonal de cinco lados cubierta con bóveda de crucería estrellada con terceletes. En la clave central de esta bóveda encontramos una talla de la Virgen de Gracia con el Niño.
Los nervios de la bóveda del presbiterio apoyan en columnillas con capiteles decorados. En cuatro de ellos encontramos a los cuatro evangelistas (tetramorfos), y en las dos restantes a San Miguel luchando con el demonio y al arcángel San Rafael con Tobías.
En 1692 fray José Milán Aragón prior del convento, encargó la renovación y recubrimiento interior del templo, con yesos y caracteres barrocos propios de la época, posteriormente en el siglo XIX volvería a ser renovada con elementos neoclásicos. En la restauración del templo de 1940 serán eliminados todos estos elementos ajenos al gótico original de la iglesia.
No obstante, la pieza más sobresaliente que dispone la iglesia es una imagen o icono de estilo bizantino, conocida como “Mare de Deu de Gracia” (Nuestra Señora de Gracia), de gran devoción en su época hasta el punto de que en las cercanías de la iglesia una calle lleva el nombre de esta imagen sagrada.